3. Era BJ Habibie, Abdurrahman Wahid dan Megawati Soekarnoputri
Di masa pemerintahan Presiden RI ketiga hingga kelima, Indonesia yang masih dalam masa pemulihan pascakriksis moneter 1998 memilih untuk tidak menghamburkan uang hanya demi mengganti tunggangan kepresidenan.
Sehingga, Presiden RI ketiga BJ Habibie (1998-1999), Presiden RI keempat Abdurrahman Wahid (1999-2001) dan Presiden RI kelima Megawati Soekarnoputri (2001-2004) mewarisi Mercedes-Benz W140 S600 yang ditinggalkan dari masa pemerintahan Soeharto.
Mobil tersebut dilengkapi fitur keamanan mumpuni standar pemimpin dunia, yakni kaca dan bodi antipeluru.